Была проблема с запуском mysql. Решилась мистическим образом - в конец команды запуска safe_mysqld было добавлено перенаправление потоков вывода в файл. Скрипты запуска были взяты из пакета. Версия mysql 3.23. OS Linux Mandrake 9.0. Может кто то сталкивался - интересно, в чем причина?