Тема конечно устарела. Везде переискал, говорят что если удалить этот пакет то тот с которым конфликтует установится, но тот который удалится повлечет за собой неработоспособность других пакетов.
Making all in doc
===>  Installing for freeglut-2.4.0_4

===>  freeglut-2.4.0_4 conflicts with installed package(s):
      libglut-7.0.1_1

      They install files into the same place.
      Please remove them first with pkg_delete(1).
*** Error code 1

Stop in /usr/ports/graphics/freeglut.
*** Error code 1
Попытался удалить
# pkg_delete libglut-7.0.1_1
pkg_delete: package 'libglut-7.0.1_1' is required by these other packages
and may not be deinstalled:
fpc-fpgtk-2.2.0_2
fpc-gconf-2.2.0_2
fpc-gnome-2.2.0_1
fpc-gtk-2.2.0_2
fpc-imlib-2.2.0_2
fpc-opengl-2.2.0_1
fpc-zvt-2.2.0_4
gle-3.1.0_1
kde-3.5.8
kdeartwork-4.1.1
kdegraphics-3.5.8_1
lazarus-0.9.24_2
ocaml-lablgl-1.03
ocaml-lablgtk2-2.10.1_1
wine-1.1.5,1
wine-doors-0.1.2_2
xscreensaver-5.07
xscreensaver-gnome-hacks-4.24_2

В общем вот он ответил чем. Пакеты там в общем то еще ценнее для меня. Как в этой ситуации быть :) Хотелось бы и тот пакет тоже установить. Просто из-за этого конфликта не может установиться другой пакет.

• Конфликты пакетов,sm00th1980, 17:27 , 29-Окт-08

ну тут всё просто на самом деле
если вы уверены что удалив libglut остальные зависящие пакеты не пострадают удаляйте его
pkg_delete -f libglut-7.0.1_1

а потом поставьте freeglut