Я понимаю, что я что-то не правильно настроил. Но я пытался по возможности ничего не менять. Если Squid получает запрос содержащий, например, в своём теле знак вопроса то он возвращает (через некоторое время) тайм аут. А в логе запрос обрезан сразу после знака вопроса. Да и на экран ответ о тайм ауте тоже выводится без текста после вопроса.
Спасибо, сам разобрался.
>Спасибо, сам разобрался.подскажи, в чем было дело?
Да я толком и не разобрался. Но после того как я забил строки
hierarchy_stoplist cgi-bin ?
acl QUERY urlpath_regex cgi-bin \?
Проблема исчезла.