Вообщем запустил скрипт, который поменял мне права мне на все файлы у LightSquid, вроде как вернул все нормально назад (всем файлам права 666, кроме .pl, им права 777), но все равно не работает, ошибка:
Internal Server Error
The server encountered an internal error or misconfiguration and was unable to complete your request.
Please contact the server administrator, webmaster@localhost and inform them of the time the error occurred, and anything you might have done that may have caused the error.
More information about this error may be available in the server error log.
--------------------------------------------------------------------------------
Apache/2.2.11 (Ubuntu) PHP/5.2.6-3ubuntu4.2 with Suhosin-Patch mod_perl/2.0.4 Perl/v5.10.0 Server at 192.168.17.222 Port 80

Может что-то забыл, посмотрите пожалуйста у себя, какие права должны быть или это из-за другого?

• Права на файлы у LightSquid,Alexey, 17:00 , 07-Окт-09

Ну вообщем проблему решил:
chmod +x *.cgi
chmod +x *.pl