Шифрование:

   dd if=./target.tgz | openssl des3 -salt -kfile ./key.file| dd of=./target.tgz.des3

Расшифровка:

   dd if=./target.tgz.des3 | openssl des3 -d -kfile ./key.file| dd of=./target.tgz

URL:
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/862.shtml

• Шифрование архива данных используя openssl,Дмитрий, 13:08 , 22-Июн-05
  • Шифрование архива данных используя openssl,gr, 23:11 , 22-Июн-05
• Шифрование архива данных используя openssl,nsware, 08:38 , 25-Июн-05
  • Шифрование архива данных используя openssl,chip, 01:01 , 07-Июл-05

Насколько я помню, openssl в этом режиме (симметричного шифрования) поддерживает -in и -out опции для  данных на входе и выходе. Так что dd излишен.

не факт - были какие-то глюки у меня (не припомню точно) с файлами >2Gb так что dd нужен

http://www.freesource.info/wiki/EncryptedFileSystem

Во-первых, речь идет о шифровании отдельно взятого файла. При рассмотрении данной задачи в общем случае это ни одно и то же с шифрованием файловой системы.
Во-вторых,
/home/chip> uname -rs
FreeBSD 4.11-RELEASE
/home/chip> which openssl
/usr/bin/openssl
/home/chip>

fuse идет лесом в данном случае.