Обсуждение статьи тематического каталога: Загрузка Windows через bootmanager FreeBSD (boot freebsd win)Ссылка на текст статьи: http://www.opennet.me/base/sys/boot0cfg_windows.txt.html
Есть еще один вариант - если "мелкософтовая продукция" более-менее современная (2000/ХР), то нужно:
- поправить в нотепаде boot.ini, добавив в него строку "C:\bootsect.bsd=FreeBSD" после строки про загрузку МС. Также нужно подправить таймаут - время в секундах
- взять с инсталяционного компакта Фри файлик /cdrom/boot/boot1, поместить его в корень диска C: в винде и обозвать bootsect.bsd
- подключить оба винта и с помощью правильного менеджера разделов добится, чтобы Активный раздел был только один - Виндовый
- выставить загрузку с Виндового винта.Более подробно написано в FreeBSD Handbook