Обсуждение статьи тематического каталога: Оптимизация FreeBSD и MySQL для работы в пиковых нагрузках (freebsd mysql tune optimization kernel load_average trouble)Ссылка на текст статьи: http://www.opennet.me/base/sys/bsd_mysql_tune.txt.html
Сначала стОит попробовать программерам руки подровнять, чтобы sql запрос 30-40 секунд не исполнялся. Ну или самостоятельно индексы прописать в таблицах, и прочую оптимизацию.
..а потом уже лезть в тонкие настройки mysql, и тем более ядро.