Резервный диск монтируем как /backup в read-only режиме.
По крону еженощно запускаем скрипт следующего содержания:
   /sbin/mount -u -w /backup # пепреводим раздел в rw режим, mount "-o remount,rw /backup" для Linux
   /usr/bin/rsync -a --delete --delete-excluded --max-delete=200 \
      --exclude-from=/etc/ex_files_list.txt / /backup
   RETCODE=$?
   if [ $RETCODE -ne 0 ]; then
      echo "Err code=$RETCODE"| mail -s "RSYNC BACKUP ERROR" alert@test.ru
   fi
   /sbin/mount -u -r /backup # раздел обратно в ro, mount "-o remount,ro /backup" для Linux

Если backup-диск большой, лучше вести две полные копии, на случай краха во время бэкапа (или см. опцию --backup);

При бэкапе на другой сревер:
   rsync [...опции как выше] --compress --bwlimit=100 --timeout=120 \
      -e ssh source/ login@backuphost:/backup/node1

Список файлов для исключения из бэкапа (ex_files_list.txt):
   /backup
   /mnt
   /proc
   /tmp
   /var/log
   /usr/obj
   /usr/src
   /usr/tmp
   /usr/ports
   /usr/local/apache/logs

URL: http://www.opennet.me/guide.shtml#backup
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/687.shtml

• Полный бэкап на дополнительный диск при помощи rsync,valmont2k, 12:50 , 19-Янв-07
• Полный бэкап на дополнительный диск при помощи rsync,Tanger, 13:59 , 17-Июл-07
• Полный бэкап на дополнительный диск при помощи rsync,anonimous, 14:00 , 15-Май-08

Толково написано, радуют alert@test.ru login@backuphost:/backup/node1, но хотелось бы еще объяснения по каждому параметру - не для тупых, просто было бы приятно.

--exclude-from=/etc/ex_files_list.txt не работает.
Составил список папок, не подлежащих синхронизации, один фиг, они копируются. :(

я делаю так:
rsync --delete --delete-during --delete-excluded --archive --hard-links --quiet -P --exclude-from="${EXCLUDEFILE}" ${SOURCE}/ ${TARGET}/
exclude исполняется как надо и во время синхронизации, т.е. без лишних движений