Linux поддерживает Hyper-Threading начиная с ядра 2.4.17.
Ядро должно быть собрано как SMP,
При загрузке, передаем параметр acpismp=force (в lilo: append=" acpismp=force")
проверка работы:
cat /proc/cpuinfo, если среди flags есть "ht", то Hyper-Threading активирован.
URL: http://www.opennet.me/opennews/art.shtml?num=1966
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/409.shtml
Вот только не знающий про эти фичи шедулер всю картину портит. И его придется патчить...
Я бы добавил, что коиманда определяет что в системе 2 процессора (для 1-го с гипертрейдингом) и smp ядро обновляется для i686 сбороки, а не для i386 (сам по началу не разобрался просто).