mysqldump лочит таблицы на запись и во время дампа база фактически простаивает.
Решения:

1. Репликация и бэкап со слейва;

2. mysqlhotcopy,  делает "read lock" на и копируются файлы баз, т.е.:

    FLUSH TABLES WITH READ LOCK;
    // копировать файлы MyISAM таблиц
    UNLOCK TABLES;

FLUSH TABLES WITH READ LOCK может занять много времени т.к. он будет ждать окончания выполнений всех запущенных запросов.

3. Минимизация блокировки через использование снапшотов ФС:
   FLUSH TABLES WITH READ LOCK;
   Делаем снэпшот ФС, где лежат базы мускула
   UNLOCK TABLES;
   Копируем директории с базой или отдельные таблицы
   Отцепляем снэпшот

Скрипт для Linux (использует LVM снапшот): http://lenz.homelinux.org/mylvmbackup/
Cкрипт для FreeBSD:
   (echo "FLUSH TABLES WITH READ LOCK;"; echo "\! ${MOUNT} -u -o snapshot /${SNAPPART}/.snap/backup /${SNAPPART}"; echo "UNLOCK TABLES;" ) |
    ${MYSQL} --user=root --password=`${CAT} ${MYSQLROOTPW}`

URL: http://community.livejournal.com/ru_highload/8082.html
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/1407.shtml

• Бэкап больших MyISAM таблиц без длительной блокировки в MySQL,Exe, 21:42 , 23-Апр-07
  • Бэкап больших MyISAM таблиц без длительной блокировки в MySQ...,avatar, 13:47 , 15-Май-07
• Бэкап больших MyISAM таблиц без длительной блокировки в MySQL,logka, 02:17 , 23-Май-07
• Бэкап больших MyISAM таблиц без длительной блокировки в MySQL,logka, 20:38 , 10-Июл-07

Увы, тока для myisam, innodb_flush_log_at_trx_commit создаст проблемы.

Почему?

почитай за innodb хранилище.
оно вообще в мускуле геморное....

да инноддб геморное, а включеный  bin-log мускуля конкретно снижает производительность в нагруженых базах
Но наверно друго-го нормального выхода кроме как репликация нет.
Разве что плевать в мускуль и стягивать бабло в оракл :)
Денег правда больше чем на пару мощных серверов :)))