Для обращения к буферу обмена из командной строки нужно использовать утилиту xclip (http://sourceforge.net/projects/xclip),
которая помещает в буфер обмена то что приходит через STDIN и выталкивает из буфера обмена в STDOUT.

Скопировать в буфер обмена: echo "test" | xclip
Вывести содержимое буфера обмена: xclip -o
Через опцию -sel можно выбрать буфер обмена:
   clipboard (Ctrl+C,Ctrl+X, Ctrl+V или меню Copy/Paste в приложениях),
   primary (средняя кнопка мыши), secondary.

Для вывода содержимого буфера обмена по Ctrl-v в bash, можно использовать .bashrc:

if [ -n "$DISPLAY" ] && [ -x /usr/bin/xclip ] ; then
    # Work around a bash bug: \C-@ does not work in a key binding
    bind '"\C-x\C-m": set-mark'
    # The '#' characters ensure that kill commands have text to work on; if
    # not, this binding would malfunction at the start or end of a line.
    bind 'Control-v: "#\C-b\C-k#\C-x\C-?\"$(xclip -o -selection c)\"\e\C-e\C-x\C-m\C-a\C-y\C-?\C-e\C-y\ey\C-x\C-x\C-d"'
fi

URL: http://www.debian-administration.org/articles/565
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/1508.shtml

• Использование буфера обмена X Window в скриптах и командной строке,stimpack, 08:22 , 02-Дек-07
  • Использование буфера обмена X Window в скриптах и командной ...,Миша, 19:51 , 27-Ноя-08

Осталось только, чтобы все эти иксовые xclip-ы, xclipboard-ы научились кириллицу и прочее в UTF8 понимать. А то вроде как и xorg, полупрозрачность, сплошное 3D, 21 первый век и всё такое....
В koi8-r понимает, ибо однобитная, а в UTF8 - вопросы вместо символов.

С UTF-8 все очень просто, например:

# echo "абв" |iconv -f koi8-r -t utf-8 |xclip

Теперь можете копировать в kate, gedit или firefox (которые используют utf-8) или проверить содержимое копирование в klipper'е.

Теперь можете сделать обратное преобразование:

# echo `xclip -o |iconv -f utf-8 -t koi8-r`
абв