Устанавливаем пакет apt-build:

   apt-get install apt-build  

Настраиваем его командой  dpkg-reconfigure apt-build, тут нам надо будет ответить
на вопросы об уровне оптимизации и об архитектуре вашего процессора.

Далее надо убедится, что у нас раскоментированы репозитарии исходников в /etc/apt/sources.list
(эти строки начинаются с deb-src). Обновляем список репозитариев apt-get update.  

Ну и всё, дальше вместо apt-get используем apt-build. Ключи и опции apt-build такие же как и у apt-get:  

   apt-build update - обновление списка репозитариев и софта в них,
   apt-build upgrade - апгрейд установленных пакетов,
   apt-build install  - устанавливаем программу,
   apt-build world - а это перекомпилит всю вашу систему! Тут всё на ваш страх и риск!

При первом запуске apt-build вы увидите следующее сообщение об ошибке:

   -----Rebuilding the world!-----
   -----Building package list-----
   Please read README.Debian first.

Просто apt-build не знает какой софт у вас установлен.
Для того чтобы побороть эту ошибку достаточно ввести команду:  

   dpkg --get-selections | awk '{if ($2 == "install") print $1}'> /etc/apt/apt-build.list

Ну а дальше работаем с apt-build как с apt-get.
Рекомендую вставлять ключи  --yes and --force-yes для  того чтобы весь процесс проходил на автомате.

URL: http://www.openkazan.info/apt-build_ubuntu_debian
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/1570.shtml

• Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu Linux,Heckfy, 16:02 , 23-Янв-08
  • Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu...,Heckfy, 16:03 , 23-Янв-08
• Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu Linux,Роман, 00:42 , 24-Янв-08
  • Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu...,vist, 01:21 , 24-Янв-08
• Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu Linux,Angry Anonymous, 15:20 , 24-Янв-08
• Установка пакетов с пресборкой из исходных текстов в Ubuntu Linux,Anton, 21:31 , 24-Янв-08
  • Установка пакетов с пресборкой из исходных текстов в Ubuntu ...,dmitrijj, 19:09 , 27-Янв-08
• Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu Linux,Anonymous, 13:02 , 25-Янв-08
• Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu Linux,Aville, 01:54 , 29-Янв-08
  • Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu...,Аноним, 16:46 , 31-Янв-08
• Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu Linux,аноним, 17:26 , 11-Мрт-09

Есть машина с debian etch i386, ставлю ядро amd64, запускаюсь в нем.
Хочу обновить систему до debian etch amd64
Получится?

В смысле, ядро ставлю бинарное, а потом по тексту новости.

А где подправить опции gcc? Чтобы собирался,например, с -О2 и т.д.

dpkg-reconfigure -plow apt-build

там и будут опции gcc
ну или в /etc/apt/apt-buil.conf

PKBUILD и makepkg из Arch Linux намного проще и приятнее. Особенно при сборке собственных пакетов.

а какие преимущества у такой установки по сравнению с установкой .deb пакетов?

это если ты хочешь оптимизации под свою систему или добавить фичу, какой нет в пакете

ключи  --yes and --force-yes просто необходимо(!!!!) вставлять, если не хотите, чтобы вся ваша компиляция прошла впустую. Правда, есть ещё один путь типа: после компиляции прогнать cd /var/apt/apt-build/repositiry/ && dpkg -i ./*.deb но это уже слишком много ручной (то есть, "слак-уэй") работы....
Да и для пересборки "мира" apt-build не так у хорошо....

Поясните плиз, а зачем нужно делать всё это: Установка пакетов с пересборкой из исходных текстов в Ubuntu Linux

ответа на этот вопрос не знает никто :)

Зачем.. зачем.... что бы было. Можно настройки компилятора подкрутить что бы программа быстрее на 0,002 % работала.