Для автоматической замены, при отдаче html страниц, одного блока на другой
можно использовать mod_substitute (http://httpd.apache.org/docs/2.2/mod/mod_substitute.html).
Маска замены задается в виде регулярного выражения.  

Примеры:

   <Location /private>
       AddOutputFilterByType SUBSTITUTE text/html
       Substitute s/SECRET/XXXXX/ni
   </Location>

   <Location />
       AddOutputFilterByType SUBSTITUTE text/html
       Substitute s/foo/bar/ni
   </Location>

   <Location />
       AddOutputFilterByType SUBSTITUTE text/html
       Substitute "s|<BR */?>|<br />|i"
   </Location>

Опции:
  i - совпадение без учета регистра;
  n - строчное совпадение, без использования регулярных выражений;
  f - позволяет результаты текущей замены использовать в других заменах,
      заданных в других mod_substitute правилах.

URL: http://prefetch.net/blog/index.php/2008/02/13/substituting-t.../
Обсуждается: http://www.opennet.me/tips/info/1590.shtml

• Замена содержимого отдаваемых Apache2 документов, по заданной маске,Аноним, 12:34 , 23-Фев-08
  • Замена содержимого отдаваемых Apache2 документов, по заданно...,ufaweb, 21:38 , 24-Фев-08
• Замена содержимого отдаваемых Apache2 документов, по заданной маске,Оммм, 15:54 , 25-Фев-08
• Замена содержимого отдаваемых Apache2 документов, по заданной маске,Александр, 23:54 , 25-Фев-08

а можно ли как-то менять бинарные файлы, например по-xor-ить некоторые байты и отдать?

>а можно ли как-то менять бинарные файлы, например по-xor-ить некоторые байты и
>отдать?

хм, боюсь спросить, а зачем сие нужно?

Ифреймим на уровне апача ? :D

данные статьи описаны уже в большом количестве вариантов, где все ясно и понятно. изобрели очередной велосипед.