Перт Зайцев провел (http://www.mysqlperformanceblog.com/2008/03/21/mysql-file-sy.../) исследование влияния фрагментации в файловой системе на производительность MySQL, а также оценил насколько интенсивная работа MySQL с большим числом таблиц способствует появлению фрагментации в файлах БД.

Выводы:

-  Одновременное помещение данных в разные таблицы приводит к фрагментации данных на диске, приводящей к потере производительности при последовательном чтении данных;
-  На производительность MyISAM фрагментация влияет больше, чем на Innodb;
-  Метод ступенчатого распределения блоков данных (extent allocation (http://www.mysqlperformanceblog.com/2007/10/26/heikki-tuuri-.../), когда размер файла увеличивается резервируя сразу 64 страницы по 16Кб каждая) помогает Innodb;
-  Фрагментация влияет на Innodb в меньшей степени, в случае хранения таблиц в отдельных файлах.

URL: http://www.mysqlperformanceblog.com/2008/03/21/mysql-file-sy.../
Новость: http://www.opennet.me/opennews/art.shtml?num=14896

• Оценка влияния фрагментации в ФС на производительность MySQL,pavlinux, 02:31 , 23-Мрт-08
• Оценка влияния фрагментации в ФС на производительность MySQL,Lindemidux, 10:52 , 23-Мрт-08
  • Оценка влияния фрагментации в ФС на производительность MySQL,pavlinux, 17:58 , 23-Мрт-08
    • Оценка влияния фрагментации в ФС на производительность MySQL,spamtrap, 10:25 , 24-Мрт-08
      • Оценка влияния фрагментации в ФС на производительность MySQL,керос, 11:26 , 24-Мрт-08
        • Оценка влияния фрагментации в ФС на производительность MySQL,pavlinux, 15:27 , 24-Мрт-08
• Оценка влияния фрагментации в ФС на производительность MySQL,Аноним, 07:03 , 25-Мрт-08
• Оценка влияния фрагментации в ФС на производительность MySQL,Кокашко, 21:15 , 10-Авг-09

Не убедительная, я бы даже сказал, отсутствующая оценка фрагментации файловой
системы. То что они, файлы, у него очень медленно читаются это только показывает,
что файлы медленно читаются, и как один из вариантов медлительности - фрагментация.

Я устраивал 100% фрагментацию файловым системам (был забит каждый второй кластер), только проблема в том, что в Linux, что во FreeBSD фрагментация похоже пропадает через 10-20 часов, потому что абсолютно исчезают тормоза, а в венде фиг вам, проводите дефрагментацию, правда после 50 часов ожидания я дождался.
Записывал в nix на фрагментированные разделы данные, так эти данные после каждой перезаписи все быстрее и быстрее записывались, а в венде какое-то жуткое падение скорости. После дефрагментации скорость была все равно жутко упавшей.

А вы пробовали после загрузки, find / -noleaf > /dev/null  
Потом всё так быстро работает... :)

чёт не понял этого шаманства...может кто-то объяснить?

кэшируется

>кэшируется

Угу :)  Особенно на журнулюруюмуюх FS

Именно по этой причине СУБД должна хранить свои данные на raw разделе. Да и механизмам кеширования СУБД лучше знать что и когда кешировать и как располагать данные.

Пепец О_о