Стоит ssl nginx как frontend к апачу, сертификат покупной и валидный
Последнии версии браузеров ничего не спрашивают и хавают его, а вот старые(и банк-клиенты некоторые) выдают окошко и ругаются на него
собственно что сделать чтобы окошко не вылезало
Можно помочь на один шаг, обычно этого хватает. Вам вместе с вашим сертификатом дают и сертификат подписавшего CA, пропишите его в настройках(в апаче ЕМНИП через
SSLCACertificateFile сотоварищи, как это в nginx не смотрел). Вообще обычно подробные инструкции есть на сайте у CA.