Стоит связка apache+nginx.
Везде в конфиге апача и виртуальных серверов прописано AllowOverride All.
Пишу в .htaccess опции для PHP:

<IfModule mod_php5.c>
  php_flag allow_call_time_pass_reference 1
  php_flag session.use_trans_sid off

  php_value display_errors 1

  php_value mbstring.func_overload 2
  php_value mbstring.internal_encoding UTF-8
</IfModule>

При этом они упорно не видятся самим PHP и он оставляет для сайта опции из php.ini

Почему это может быть?

• php_value через htaccess,PavelR, 12:37 , 25-Сен-12
  • php_value через htaccess,DJ_Kill, 12:38 , 25-Сен-12
    • php_value через htaccess,Pahanivo, 15:58 , 25-Сен-12
      • php_value через htaccess,DJ_Kill, 01:05 , 26-Сен-12
        • php_value через htaccess,DJ_Kill, 02:17 , 27-Сен-12

> Почему это может быть?

уберите IfModule

> уберите IfModule

Не помогло.
Попробовал и так и так. И с разными именами модулей тоже.

Так же попробовал добавить .user.ini с отдельным конфигом PHP. Тоже не помогло.

>> уберите IfModule
> Не помогло.
> Попробовал и так и так. И с разными именами модулей тоже.
> Так же попробовал добавить .user.ini с отдельным конфигом PHP. Тоже не помогло.

в конфиг vhost не пробовал?

> в конфиг vhost не пробовал?

Пробовал. С тем же результатом.

Ларчик просто открывался: это описанный баг PHP

вместо
php_value mbstring.func_overload значение
в .htaccess надо писать
php_admin_value mbstring.func_overload значение
в <directory> конкретного хоста.

Хотя баг описан для версии 5.2.Х и вроде есть патч в более поздних версиях он сохраняется.