Поднимай, для всех коммутаторов, mode PVST+ (если нужны отдельные настройки для vlan-ов), либо RSTP 802.1w (если не нужны заморочки с отдельными экземлярами STP для разных vlan-ов), второй вариант более предпочтителен - так как лучше по скорости сходимости и по устройчивости работы.Назначай приоритеты для свичей - для root 3750 меньше (стандартного) среднего, для 2960 и 2950 приоритеты выше среднего, с учётом твоей необходимости работы альтернативного линка между 2950 и 2960. Незабудь уменьшить стоимостит root портов, опять ть же в соответствии с тем как ты хочешь организовать работу альтернативного линка между 2960 и 2950.
Если есть желание и нужно максимально обезопасить себя от проблем с функционироваинем вышеописанной схемы - "пошамань" с STP Loop Guard и UDLD (то-есть сам, принудительно назначь какие порты у тебя будут\могут быть рутовыми, а какие никогда не должы ими быть). Для увеличения скорости отработки протокола RSTP\PVST+ (а именно они обеспечивают переключение между основным и резервным линками, STP лишь обеспечивает защиту коммутатора от петель), можно уменьшить значения max-age и forward-delay.
Почитай доки на cisco.com на эту тему:
http://www.cisco.com/en/US/tech/tk389/tk621/tsd_technology_support_protocol_home.html