|
После шести с половиной лет разработки увидела свет первая стабильная версия универсального SDK для химической информатики под названием Indigo. История Indigo как проекта с открытыми кодом ведёт отсчёт с ноября 2009 года, когда был опубликован комплект утилит с ограниченным API. На данный момент Indigo предоставляет унифицированный программный интерфейс для разработчиков на языках C/C++, Java, C# и Python.
Краткий список возможностей:
- Поддержка форматов представления структур молекул и реакций: Molfile, Rxnfile, SDF, RDF, CML, SMILES, SMARTS
- Двумерный рендеринг структур молекул и реакций по стандартам IUPAC (в качестве движка используется cairo). Автоматическое вычисление координат атомов в 2D
- Вычисление "Canonical SMILES" - представления молекулярной структуры, инвариантного относительно перестановок атомов
- Проверка точного совпадения структур молекул или реакций (Exact matching), проверка наложения по подструктуре (Substructure matching)
- Поддержка таутомеров и резонансных форм
- Вычисление битовых кодов структур (fingerprints)
- Процедуры перебора подграфов, поддеревьев, колец в молекулярной структуре
- Вычисление молекулярного веса и молекулярной формулы
- Разложение структур по заместителям (R-Group deconvolution). Автоматическое определение максимальной общей подструктуры (MCS) множества структур.
- Комбинаторный перебор продуктов химической реакции.
На основе Indigo создан Bingo - картридж для СУБД Oracle и MS SQL Server, представляющий возможности Indigo пользователям этих реляционных СУБД; в первую очередь быстрый поиск структур молекул и реакций по подструктуре и по SMARTS-выражению. Картридж для PostgreSQL находится в разработке.
Также на основе Indigo созданы следующие небольшие утилиты:
- indigo-depict - для рендеринга молекул и реакций в PNG/SVG/PDF/EPS
- indigo-cano - для вычисления Canonical SMILES
- indigo-deco] - для разложения структур по заместителям
- ChemDiff - для просмотра структур и нахождения различий между двумя наборами структур
- Legio -- для перебора продуктов реакции
В результате сотрудничества с командой KNIME, данная открытая платформа для анализа данных, построенная на базе Eclipse, приобрела расширения для работы с химическими структурами, сделанные на базе Indigo.
Все продукты распространяются на условиях GPLv3 аутсорсинговой компанией GGA Software Services. Офис по разработке находится в Санкт-Петербурге. На сайте компании доступны сборки библиотек и утилит для Linux, Windows и Mac OS X.
| 
