Она должна обеспечивать набор средств для ввода и вывода различной
информации в графическом представлении, не больше и не меньше.
Оболочки (оконные менеджеры, различные интегрированные среды)
являются над ней надстройками и обеспечивают интерфейс с пользователем.

Всякие там штуки вроде прозрачности и теней должны обеспечиваться
этими самыми надстройками, т.к.. во-первых, кому-то они нужны, а
кому-то и нет, во-вторых реализовать это можно по-разному (посредством
OpenGL или например так как в aterm или еще как-нибудь).
Есть рабочие среды, основанные на OpenGL и есть там и прозрачность, и
другие всякие эффекты. Но зачем нужно в базовую поставку иксов
это включать?

Наверное в дальнейшем ходе этого "развития" следует ждать, что в иксы
встроят "полноценный" оконный менеджер вместо "устаревшего" twm,
заменят Xaw на какой-нибудь современный набор трехмерных виджетов с
поддержкой скинов, потом иксы для рендеринга всего снанут использовать
OpenGL, и в конечном итоге плавно перерастет во что-то вроде KDE.