В заметке на примере шифрования флэш-диска демонстрируется базовое использование утилит шифрования в ОС Linux, FreeBSD, NetBSD и OpenBSD (cryptoloop, dm-crypt, luks, gbde, geli, cgd, svnd).
PS: А коль уже файловая система смонтирована то вытаскивание ключа ни к чему не приведет. т.к. надо ее отмонтировать да бы ядро забыло ключ. Но на флешку можно написать, простой скрипт к-й будет размонтировать fs при вытаскивании флешки.
так, внизу есть ссылка на статью про EncFS (на русском)