> Если версии библиотек в пакетах совпадут, то
> разницы вообще нету
Это не всегда так. Проблемы могут возникнуть(и скорее всего возникнут), если сборка программ проводилась разными компиляторами или с разной glibc.> или традиционным садо-мазо.
Ну, я бы не сказал, что это "садо-мазо". У меня установлен свой собственный LFS, несколько раз пересобиравшийся под разные gcc и glibc при помощи уже имеющихся скриптов сборки. Проблем сборки вообще нет - поменял версии этих пакетов, изменил(если надо) оптимизацию под конкретный процессор, запустил скрипт и пошел своими делами заниматься, а через некоторое время получаеш новый дистрибутив.