1) Регистрировать торговые марки надо, а то эти торговые марки зарегистрируют проприетарщики и затаскают опенсорсников по судам.Глупее всего поступила группа "Чайф", которая не желает регистрировать своё название, а потом судится с теми, кто использует её название в коммерческих целях.
2) Владелец торговой марки (даже опенсорсной) имеет право требовать, чтобы эту марку не лепили на что попало. В частности, если на мою программу наложили патчи, которые мне не нравятся, я имею полное право требовать, чтобы получившуюся программу не называли именем моей программы, т.к. это уже другая программа. Mozilla в данном случае полностью права: открытость кода не означает вседоступности названия.
3) Вопрос поднят правильно: его действительно надо обсудить и разъяснить людям тонкости.