GPL включает требование описывать изменения при распространении изменённой версии. Для проектов, известных по имени конечным пользователям, не справляющимся читать Changelog, защита торговой марки ставит ту же цель: пользователь должен знать, использует ли он программу той же самой ветки или нет. История с Debian и Firefox, на самом деле, создала очень ограниченное количество проблем. Сайты, отдающие разное содержимое, в зависимости от User-Agent - это отдельная проблема сама по себе, история с IceWeasel её только повторно выявила. Но mozilla вполне имеет право считать, что нечто с патчами от людей, явивших миру OpenSSL от Debian с огромной дырой, не является Firefox(TM).
CentOS вообще эвфемизмы для названия RedHat придумывает, но это никому не мешает.. А Ubuntu имеет право посмотреть не получилось ли, что на книжке с большим количеством ерунды стоит логотип как если бы книжка была одобрена Canonical.
И, кстати, переименования из-за торговых марок почему-то обычно проходят спокойно и без потерь пользователей. Некоторые места некоторых законов надо менять, но идея торговой марки - правильная. Владелец известной торговой марки должен мочь обеспечить качество всего, на чём она стоит (обеспечив качество всего, что он выпускает).