>их касается dependency hell и современных nix like систем это касается:P Может быть бинарных недодистрибутивов разве что, debian, например. При это если их использовать как задумывалось, т.е. использовать только родные пакеты от релиза, никаких проблем не будет. Но нам же не хочется компилять, зато хочется новый софт, сами себе hell и создаете. ССЗБ.
А вот с source-based никаких проблем нет и быть не может, я на всех своих FreeBSD серверах и десктопах поддерживаю в актуальном состоянии почти 3500 разных пакетов, никогда никаких проблем не было. portupgrade -a и точка.