Если метод окажется действенным, придумают средства скрытия этих отпечатков. Да хоть каждую программу собирать в виртуальной машине разным компилятором под разной ОС на разной ФС.И вообще, с вредоносным ПО нужно бороться улучшением безопасности ОС и вдалбливанием пользователям в головы того, что нельзя использовать ПО, полученное из недоверенного источника — это все равно, что дать чужому человеку ключи от своей квартиры. В дистрибутивах Линукс, кстати, эта проблема решается за счет того, что все программы устанавливаются из нескольких подписанных репозиториев, а не откуда-попало-из-разных-мест.