Что-то за *цать лет использования yum/dnf база rpm разваливалась раза 2 и оба раза из-за внезапного прерывания установки пакетов блекаутом. Зато очень часто спасала опциия downgrade, которую в apt за все годы так и не завезли. >> dnf и обработка зависимостей: ставим пакет X, который зависит от gnustep-1.24, подключаем Epel, который предоставляет пакет gnustep-1.28. Запускаем dnf update — получаем падение на шаге разрешения зависимостей, потому что dnf хочет поставить gnustep-1.28, но не может. Чиним ручками.
Не нужно перекладывать ответственность за использование сторонних репо и чехарду с их зависимостями на пакетный мененджер. В данном случае все просто - вв вашей системе установлено N пакетов, требующих именно gnustep-1.24, а мейнтейнеры из epel не удосужились позаботиться о совместимости. И вполне логичное и ожидаемое поведение пакетного менеджера - вывалить ошибку и не дать вам полностью развалить работающую систему.
И да - dnf вполне себе понимает указание версии пакетов)