>rdate -s your.ntp.host
>в crontab

Именно так и стоит.
Есть предположение что отстает время в биосе, и системное за ним "тянеться"
НО рядом стоит такая-же по железу машина под виндой. и на ней таких проблем со временем в биосе нет.
Мать: Intel® Entry Server Board SE7230NH1-E
http://www.intel.com/design/servers/boards/se7230nh1-e/index...
на интеле есть обновление для биоса, но в его описании ничего про баг со временем нет.
Наверное проблема в некорректной поддежки чипсета со стороны RHEL4, хотя сам интел пишет что эта мать под RHEL4 испытана.
в общем какой-то замкнутый круг...