В общем сам долго возился, http://www.nagios.org/faqs/viewfaq.php?faq_id=336 не помогло.
после детальной разборки прописал в checkcommands.cfg:
define command{
command_name check_mpstat
command_line /usr/bin/perl /usr/nagios/libexec/check_mpstat.pl -w $ARG1$ -c $ARG2$
}
и все взлетело. помогло именно явное указание интерпретатора /usr/bin/perl.
Может кому пригодиться.