>Нужно написать под Linux прогу, кот. вырезает из JPG часть изображения и кодирует обратно в JPG. Я бы предпочел воспользоваться внешним конвертором... кто-нибудь может подсказать конвертор к примеру jpg-->bmp и обратно, работающий из консоли?

Смотри программу convert из пакета ImageMagic. Работает и под Линух, и под Фрю, и под Соляру - остальное не пробовал.