порядок правил имеет значение

>[оверквотинг удален]
> -N LOGGING
> -A INPUT -j LOGGING
> -A OUTPUT -j LOGGING
> -A LOGGING -m limit --limit 2/min -j LOG --log-prefix "IPTables-Dropped: " --log-level
> 4
> -A LOGGING -j DROP
> -A INPUT -i lo -j ACCEPT
> -A OUTPUT -o lo -j ACCEPT
> Все локальные пакеты отбрасываются.
> Почему так происходит?

У тебя сначала пакеты попадают в LOGGING, а потом дропаются.
Сначала пускай локальный трафик, а потом ставь правило

-N LOGGING
-A INPUT -i lo -j ACCEPT
-A OUTPUT -i lo -j ACCEPT
-A INPUT -j LOGGING
-A OUTPUT -j LOGGING
-A LOGGING -m limit --limit 2/min -j LOG --log-prefix "IPTables-Dropped: " --log-level 4
-A LOGGING -j DROP

у тебя в итоге все пакеты будут отброшены, кроме локальных. Пакет не являющимся локальным - пройдет в цепочку LOGGING - зафиксируется в логах и отбросится. Дальше он в систему не пройдет.