апачевский htpasswd -c passwd user_name
пароль
- в первый раз

htpasswd passwd user_name
пароль
- далее

>На линуксе прикручен squid, причем в squid.cfg
>authenticate_program /usr/bin/ncsa_auth /etc/squid/passwd
>Плз! Подскажите, как добавить туда юзера?
Возьми htpasswd из дистрибутива Apache  и подставь ему этот файл
Пример: htpasswd -c /etc/squid/passwd "пользователь"
параметр -с -> если файл еще не существует
иначе запускай без него, но прописывай юзера

Сенкс