>А почему тогда очистка кэша сквида помогает?

Потому, что закешированы уже подменённые докуменяты.
SQUID ведь тоже сохраняет удачные запросы (и неудачные) к ДНС.
Там опции есть в конфиге.
Поэтому если твой запрос перехватили, а потом подсунули лажу, прокси ведь не знает, что это лажа, вот и сохраняет её. А потом при обращении к сайту достаёт их кеша то что сохранил.
Опять же повторю - всё это догадка, на месте видней.
Попробуй поменять ДНС и прописать его в squid.cоnf, хотя если атакующий (гадящий) подменяет предидущие - не факт, чт оне перехватит и этот. По сему вывод - он может быть где-то на линии твоих запросов. (если есть вообще)

Have fun