>директорию корня апачи, выкидывается ниже приведенная страничка. Стоит только добавить transparent в http_port и тут же все преобразовывается.

Я тут "много подумал" :))) , ...

>ERROR
>The requested URL could not be retrieved
>
>While trying to process the request:
>
>GET / HTTP/1.1

...сделал "проверочный" `echo -e "GET / HTTP/1.1\n"|nc localhost 3128` в голову (с аналогичным результатом) и пришёл к выводу, что приведённое Вами сообщение об ошибке говорит, что "прозрачный" реквест "завёрнут" на напрозрачный сквид либо происходит обращение к сквиду "как к апачу" = в URL-е нет имени хоста.

Чего делать... Выключить "редирект" в ядре, если сквид-таки непрозрачный. ...или сквид переставить на "нормальный" порт, 80ый порт оставить апачу. ...или ещё как "разруливать" кто есть кто и кто где ест.