> Qwinff

Этой прогой нельзя пользоваться для декодирования ac3 дорожек. Дело в том, что она использует ffmpeg, а ffmpeg по умолчанию применяет компрессию динамического диапазона (информация drc есть не во всех ac3 дорожках, но во многих официальных). Чтобы этого избежать в ffmpeg ПЕРЕД входным файлом -i нужно указать -drc_scale 0 (указание после -i приведет к ошибке). Проблема в том, что в QWinFF нельзя указать опции перед -i, они всегда применяются после. Таким образом, декодировать ac3 через QWinFF очень не рекомендуется (на рутрекере за это бы били по рукам). Но можно использовать режим -c:a copy. В Avidemux и Handbrake, кстати, DRC по умолчанию отключен. Для других аудиоформатов использовать QWinFF можно (главное всегда проверять).
По этой причине не получится перепаковать некоторые форматы (AVI, MPG) в MKV в режиме copy. Для этого опять же перед -i требуется указать -fflags +genpts -fflags +igndts (регенерация DTS и PTS), а в проге это невозможно.
Также советую осторожно использовать встроенные пресеты. Проверяйте, чтобы fps исходного видео и fps пресета (параметр -r) совпадал. Часто выбирая в пресетах какой-нибудь Iphone, там захардкодено -r 29.97, а если исходное видео 25p, то будут рывки. Это порочная практика принудительного указывания -r в пресетах, так как девайсы часто едят несколько частот (стандартных по крайней мере). Это сделано, наверное, на случай совсем уж нестандартных частот (типа 40 fps), а интеллектуальный режим auto синтаксис проги не позволяет (например, все, что ниже 30p оставить как есть, а выше уменьшить кратно в два раза). Обычно девайсы не едят высокие fps. Или если это американский NTSC DVD плеер (но ffmpeg и так не умеет создавать валидные файлы для него).
В общем, прогой надо пользоваться с осторожностью. И я бы сказал, что это вредный совет, предлагать такую прогу.