Quote from http://www.linux.org.ru/books/lor-faq/lorFAQ-22.html
---
Проще всего с помощью программы avimerge из комплекта http://www.transcoding.org/cgi-bin/transcode. Например:
avimerge -i input.avi -p input.wav -o output.avi
Соответственно, клеится звук на первую свободную дорожку. Для avi-файлов, это дорожки с номерами от 0 до 31.
Если дорожка 0 уже занята, то звук приклеится к дорожке 1 и получится avi с несколькими дорожками.
---

MPlayer однозначно умеет воспроизводить avi с несколькими звуковыми дорожками.
Насколько я помню опция -aid позволяет указывать какую дорожку хочется прослушать.