> Например, везде кроме ядра есть понятие базовой системы ОС и сторонних программ - а в линуксе нету, там кроме ядра только пакеты.

Подобный подход является закономерным следствием слабого ресурсного обеспечения.
Например, в той же FreeBSD сравнительно мало активных мейнтейнеров, и они не могут эффективно поддерживать весь спектр ПО. Поэтому оно разделено на две категории: небольшая базовая система (с более-менее нормальной поддержкой, хотя в последние годы и она сильно сдала), и порты, которые поддерживаются нерегулярно, от случая к случаю.

В крупных дистрибутивах GNU/Linux подобных проблем просто нет: практически все ПО, включая совершенно некритичное для системы в целом, поддерживается нормально - квалифицированный мейнтейнеров для этого достаточно.