>Имеется ли во FreeBSD аналог Windows команды route add  с ключем
>"-p".
>И если да, то где хранятся постоянные маршруты?

Вообщето, речь идет об статических маршрутах.
Конечно, команда "route" существует и прекрасно работает.
Только после перезагрузки - надо заново добавлять все статические маршруты.

Тебе надо разобратся с скриптами которые запускаются при инициализации системы (startup scripts)

Смотри в сторону "rc.conf", ищи там "static_routes"
http://www.freebsd.org/cgi/man.cgi?query=rc.conf&apropos=0&s...

Также, есть "rc.local", куда тоже можно добавлять команды.