>>Работаю с pop3-сервером через imap-функции PHP. В теории UID сообщения не должен
>>меняться при удалении писем.
>
>кто вам это сказал?
>очень даже меняется. если нужно постоянство, то юзайте imap

В мануале по PHP-функциям написано. Правда они применимы и для POP3, и для IMAP. В принципе, можно работать и с imap, но pop3 более распространен. А как же тогда в POP3 решается такая тривиальная задача:
допустим есть pop3-клиент на PHP
-установлена опция скачивать сообщения, но не удалять их в ящике
-скрипт скачивает сообщения, сохраняется их в БД
-как он в следующий раз поймет, что это сообщение не нужно забирать заново?
Я конечно понимаю, что есть флаг SEEN, но а если pop3-клиентов 2 и если первый поставил флаг SEEN, то тогда и второй не заберет сообщение. Идентифицировать по набору полей from+time+subject... ну это тоже как-то ненормально. Должен же быть какой-то уникальный идентификатор...