> #!/usr/bin/perl -w
> use strict;
> use warnings;

масло масляное, ключ -w и прагма use warnings; - суть одно и тоже (показывать предупреждения),
оставьте что-либо одно

> open F, "/usr/bin/top -n 1 -b -c \| /bin/grep 'hlds_' \| /bin/grep
> -v 'SCREEN' \| /bin/grep -v '/bin/sh'|" or die "error: $!";

куча грепов, grep -v grep забыли ))

можно чуть дополнить мой примерчик из поста, что выше

while (<FH>) {
    next unless /hlds_[il]/;
    s/^\s+//;
    my @s = split /\s+/, $_;
    ($cpu, $mem) = ($s[8], $s[9]);
    if (/port\s+(\d+)\s+\+ip\s+([\d\.]+)\s+/) {$port = $1; $ip = $2;}
    open  FT, ">", "$ip:$port.txt";
    print FT "$cpu $mem\n";
    close FT;
}

то есть, отдать на откуп perl самому grep'ать то, что нужно

или так

while (<FH>) {
    s/^\s+//;
    my @s = split /\s+/, $_;
    ($cpu, $mem) = ($s[8], $s[9]);
    if (/port\s+(\d+)\s+\+ip\s+([\d\.]+)\s+/) {
        $port = $1; $ip = $2;
        open  FT, ">", "$ip:$port.txt";
        print FT "$cpu $mem\n";
        close FT;
    }
}

по мну, так первый вариант нагляднее и понятнее

то есть, нужно прочитать вывод top ?
Linux на борту? у меня ключика -c в top нет

можно так, например

open FH, "-|", "/usr/bin/top";
while (<FH>) {
    print;
}
close FH;

> Проблема в другом, при ручном запуске скрипта, все отрабатывает нормально.
> Но когда добавляешь в крон, /usr/bin/perl /home/stat/top.pl
> Всплывают косяки:
> /home/stat/top.pl: 2: use: not found
> /home/stat/top.pl: 3: my: not found
> /home/stat/top.pl: 5: Syntax error: "(" unexpected

в вашем коде, я чесгря, запутался, заблудился в трёх соснах, ниасилятор, звиняйте ))