В юниксе прекрасно компилится и С, и С++ (используй компилятор g++, например).
Но конкретно ТВОЯ программа может содержать вызовы, специфичные для ДОС или БИВИС :) - например ты подключил файл dos.h, conio.h, bios.h и. т.п. Надо будет разобраться со всеми непереносимыми функциями и вместо них использовать переносимые, если это возможно.