>Запускаю из php скрипта командой exec мною же написанный бинарник под Linux.
>
>
>Программа запускается корректно за некоторыми исключениями:
>1. Программа вылетает при любой попытке записать в файл.

$fp = fopen("/tmp/test", "w");
...writing...
fclose($fp);

в качестве проверки.

>2. Программа не может открыть tcp-соединение.

смотреть php.ini на предмет всяких safe* + firewall

>
>При этом если запускать прогу из коммендной строки — все работает.

никто и не сомневался.