>Существуют ли модули для perl позволяющие работать с архивом как с обычным
>файлом, в том числе быстро перемещатся по нему с помошью seek?

Средства есть, однако они сначала распаковывают. Быстро не получится - неизвестно, как сильно упакован контент.

Теоретически можно порвать исходный файл на блоки равной длины и сделать архив из кусков, а к нему прицепить индекс.