>в настройках KDE что-то подправить,
>чтобы приложение /usr/bin/my_app запускалось без рамки. Возможно ли такое?

Возможно. kwin (оконный менеджер kde) позволяет делать особые параметры для определённых окон (по классу окна например отфильтровать или по заголовку)

При нажатии на правую кнопку мышки на зоголовке окна открывается менюшка, из которой вызывается утилитка, с помощью которой можно настраивать параметры отображения окна приложения. Там как раз можно настроить, чтобы приложение запускалось без рамки. Но вот куда пишется конфиг, я так и не нашел. Может кто подскажет, где этот конфиг лежит?