1. можно попробовать не открывать все необходимые файлы сразу, а обрабатывать по одному.
открыл, прочитал, закрыл, следующий - как у врача :-)
2. если хочеться держать открытыми все файлы, то дескрипторы можно хранить в массиве и выбирать их оттуда по необходимости.

в perl не силён, поэтому пинать никуда не буду :-)