0. В документацию не посылать, читал не помогает, читал ещё раз, тоже самое. :)

1. Есть проект с деревом каталогов, в котором живут исходники.
2. Вот, на половину рабочий Makefile

.SUFFIXES =
.SUFFIXES = .cpp .o

CXX = g++
CFLAGS = -g -O2
WARN = -W -Wall
FLAGS := $(CFLAGS) $(DEBUG) $(WARN)
INCLUDE = -I. -I../ -I../../ -I../../../

SUBDIRS = alpha/db2  alpha/db3 beta/data gamma/os gamma/os/lnx gamma/os/bsd gamma/os/win

.PHONY: subdirs $(SUBDIRS)

subdirs: $(SUBDIRS)

$(SUBDIRS):
        $(MAKE) CXXFLAGS="$(FLAGS) $(INCLUDE)" -C $(D@) $@

# EOF Make

3. Исходники живут в директориях $(SUBDIRS), там же живут хедеры.

Например каталог gamma/os/lnx, содержит:

main_lnx.cpp
coops.cpp

и каталог include, то есть gamma/os/lnx/include
Все зависимости в хедерах разрешены через #inclide, в соответствующих исходниках,
с ними проблем нет

4. Перед тем как запускать make, в каждом каталоге с исходниками,
создаем Makefile c зависимостями.

Делаем это командой:

g++ -I. -I../ -I../../ -I../../../ -MM *.cpp > Makefile;

1-ая проблема - на примере того же каталога gamma/os/lnx

После создания Makefile c зависимостями, он выглядит следующим образом:

main_lnx.o: main_lnx.cpp ./include/main_lnx.h ../os/include/main.h
coops.o: coops.cpp ./include/main_lnx.h ../os/include/main.h

Когда в этот каталог заходит make -C gamma/os/lnx/
Компилируется только main_lnx.o, такое ощущение что coops.cpp не видит вообще.

2-ая проблема

Как, а это возможно, автоматизировать созданий файла зависимостей,
которые вкладываются в подкаталоги?
То есть, аналог
g++ -I. -I../ -I../../ -I../../../ -MM *.cpp > Makefile;
перед make -C ....мдя..... я не тормоз,......
вот и ответил на вопрос - надо поместить перед make  -C  :)

3-ая проблема

Как сделать рекурсивное брождение (от слова бродить) make, по подкаталогам,
а не указание их на прямую $(SUBDIR) ?

Например, в корне проекта есть куча папок, 20, 30,... 100

1. Возможно, не указывая их поимённо, рекурсивно компилировать исходники?
   учитывая, то что внутри каждого ещё могут быть 2,3 уровня вложений?
  
2. Или вариант с указанием только каталогов 1-ого уровня
   например, только каталогов alpha, beta и gamma ?