Я, если что, его мерил когда-то. Процентов 20 выходило на Xen по сравнению с голым железом - и по диску, и по вычислениям - разумеется, с virtio и толком настроенными ядрами. То, что оверхед контейнера может быть на порядок меньше  - то есть в пределах пары процентов - я не спорю, но и 20% - ни разу не катастрофа. Тем более, что было это лет пять назад, наверняка с тех пор что-то поправили. А за эти 20% имеем гарантированно хорошую и давно вылизанную изоляцию.