> Если ты не в курсе, то основная причина помещения в трей это как раз необходимость сигнализировать о том или ином событии: пришло сообщение, завершилась загрузка и т.д.

А причем тут трей? Это решается протоколом нотификаций. https://developer.gnome.org/notification-spec/ (кстати, выводить их удобно прямо в статусную строку, у i3 например, и без использования трея).

> Вторая причина — быть всегда под рукой
> актуально для менеджеров буфера обменов

А вот тут я соглашусь.

> таймеров, переключалок раскладок, особенно сложных, вроде ibus, bluetooth-апплатов и тому подобного

Тут тоже соглашусь. Но это приложения совершенно другого класса. Это именно те приложения, у которых попросту нет стандартных окон, которые бы можно было развернуть во весь экран. nm-applet, к примеру, имеет только окно настроек, и вызывается оно ну от силы раз в месяц. Незачем ему отдельный воркспейс выделять. xfce-clipman из своих окон имеет только "О программе" и диалог скудных настроек. А вот к плеер, мейл- и торрент-клиенты имеют свое стандартное окно, к которому обращаться приходится довольно часто.

> Так что трей — весьма удобная штука

Только для определенных классов приложений. Которые как раз и предназначались для размещения трея (для твоих индикаторов раскладки например) и не имеют никакой опции "Отображать в трее".