> но отличимо уже от
>

 ./configure ; make ; checkinstall 

Нет, не отличимо. Что там внутре configure, ты смотрел? Там произвольный shell-код на десятки тысяч строк, который ты скачал и запустил. Даже если тебе повезло и этот код сгенерён autotools'ами (обычно предполагается что это именно так), то он всё равно может содержать произвольный шелл-код от авторов configure.in. Точно так же Makefile'ы могут содержать произвольный шелл-код.

> В первом случае у нас непонятный скрипт который делает неизвестно что. Во втором случае у нас скрипт, который делает неизвестно какой установочный пакет. Разница вроде бы неотличима, но намерение видно явно, и это очень важно.

Нет, намерения не видно. Видно то, что автор архива хотел сказать тебе. А вот зачем он хотел тебе это сказать -- рассчитывал ввести тебя в заблуждение, или ещё что-то -- это уже тебе не видно нисколько.

> мы знаем, что прога будет заведена как прога, с зависимостями и версиями, а не просто как непойми что в ~/.appname/bin в PATH.

Мы не знаем, а надеемся на это. Как правило надежды оправдываются. Но точно мои надежды получить рабочую программу ни разу не обламывались, когда я следовал инструкциями вида curl "$url" | sh.

При этом вариант с ~/.appname мне больше нравится, чем всякие пакетные менагеры, потому что анинсталл затем выполняется при помощи rm -r. Единственное чего не хватает, это какого-то способа собирать из ~/.bashrc все дополнения к PATH автоматически, чтобы после rm -r, они так же автоматически переставали собираться.