Мораль этой басни всегда сводится к трём пунктам:

1. если ваше приложение должно быть живучим, его интерфейс должен сводиться к командной строке, конфигурационным файлам и, если надо им управлять в процессе работы, к юникс-сокетам или к клиент-серверу.

2. если ваше приложение должно-таки иметь графический интерфейс, его следует сделать надстройкой над основной живучей версией.

3. если ваше приложение не имеет смысла без графического интерфейса, весь интерфейс должен идти в составе приложения и не зависеть от гномов с кедами;
а все зависимости от оконной системы -- иксов, вайланда или мелкомягких форточек -- следует абстрагировать и выносить в отдельные модули;

пример строго-графического приложения с хорошим интерфейсом -- блендер, который всё свои окошки носит с собой (интерфейс командной строки тоже есть, но он не основной: рендерить можно, а настройки поменять -- уже нельзя).