> У программ с разными библиотеками ABI будет разный, API тоже

У всех стандартных библиотек (glibc, libxcb, libpulse и т.п.) хорошая обратная совместимость, а все остальное просто носишь с собой как и на других системах, вообще никаких отличий кроме того факта, что ты не можешь собрать на последней системе для старой, надо использовать старую

> и вообще разные стили интерфейса, выбивающиеся из основной темы

Если тулкит нормальный (Electron), то никакой разницы у тебя не будет. Если это какой-то Qt с упоротой моделью "а давайте каждый будет писать темы на C++ и вообще каждое DE должно писать плагины, а не мы пытаться использовать независимые API и предоставлять центральное хранилище настроек", то ему ничего не поможет.

> Собраны с максимально урезанными опциями, так как не предпологается интерграция вообще ни с чем.

У меня вполне получается собирать с нормальным количеством опций. Да, временами приходится подпатчивать и применять трюки типа implib, но в результате работает хорошо. Если бы собирал в виде папки с бинарем + библиотеки, а не статическим бинарем, наверное бы само все работалою